Η διδασκαλία των μαθημάτων γίνεται εξ αποστάσεως, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία και με βάση τον Εσωτερικό Κανονισμό του ΠΜΣ. Η διδασκαλία των μαθημάτων γίνεται με μέσα εξ αποστάσεως εκπαίδευσης κατά τη διάρκεια των εξαμήνων αξιοποιώντας τις τεχνολογικές υποδομές του Πανεπιστημίου. 

Συγκεκριμένα:

• Το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας για την οργάνωση των Π.Μ.Σ. με μεθόδους εξ αποστάσεως εκπαίδευσης διαθέτει έτοιμο για χρήση ολοκληρωμένο σύστημα σύγχρονης και ασύγχρονης τηλεκπαίδευσης. Για τη σύγχρονη εκπαίδευση διατίθεται η εφαρμογή Office 365 A1 for students/faculty (μισθωμένο σύστημα). ενώ για την ασύγχρονη εκπαίδευση διατίθεται το εγκατεστημένο σε ιδίους πόρους σύστημα eClass που αναπτύσσει και συντηρεί το Ακαδημαϊκό Διαδίκτυο GUnet. Τα δυο συστήματα είναι διακριτά μεταξύ τους, η συνδυαστική χρήση τους εξασφαλίζει ένα ολοκληρωμένο σύστημα τηλεκπαίδευσης.
• Η εφαρμογή MS-Teams, που αποτελεί μέρος του συστήματος σύγχρονης τηλεκπαίδευσης υποστηρίζει την πραγματοποίηση τηλεδιασκέψεων και τη δημιουργία εικονικών τάξεων. Εξασφαλίζει την οπτική και ηχητική επικοινωνία σε πραγματικό χρόνο με τη χρήση κατάλληλου εξοπλισμού (υπολογιστές, κάμερες, μικρόφωνα, ηχεία, ακουστικά, δικτύωση υψηλών ταχυτήτων) ώστε διδάσκων και διδασκόμενοι να δύνανται να έχουν φωνητική και οπτική επικοινωνία, ενώ βρίσκονται σε διαφορετικούς χώρους. Επιπλέον υποστηρίζει τη δυνατότητα διαμοίρασης εφαρμογών και κειμένων (application and document sharing), τη δυνατότητα χρήσης ηλεκτρονικού πίνακα (electronic board), τη δυνατότητα πρόσβασης σε χώρους συζήτησης(chat rooms) τόσο μεταξύ διδάσκοντος και διδασκόμενου όσο και μεταξύ διδασκομένων για τυχόν συνεργασία, ανταλλαγή απόψεων και εκπόνηση κοινών εργασιών.
• Το σύστημα τηλεκπαίδευσης για την ασύγχρονη εξ αποστάσεως εκπαίδευση eClass είναι ένα πληροφοριακό σύστημα διαχείρισης της
  Εκπαίδευσης (Learning Management System (LMS)), το οποίο περιλαμβάνει εφαρμογή διαχείρισης του Εκπαιδευτικού Περιεχομένου (Learning Content Management System (LCMS) και παρέχει δυνατότητες ανάπτυξης και συγγραφής μαθημάτων (authoring tool). Στο eClass είναι δυνατό να αναρτάται εκπαιδευτικό υλικό ανά μάθημα ή άλλη εκπαιδευτική δραστηριότητα, το οποίο μπορεί να περιλαμβάνει σημειώσεις, παρουσιάσεις, ασκήσεις/δραστηριότητες με την αντίστοιχη ανατροφοδότηση, ενδεικτικές λύσεις αυτών, καθώς και πολυτροπικό υλικό (βιντεοσκοπημένες διαλέξεις, με τήρηση της κείμενης νομοθεσίας περί προστασίας προσωπικών δεδομένων), προσομοιώσεις, διαδραστικό εκπαιδευτικό υλικό με τη μεθοδολογία της εξ αποστάσεως εκπαίδευσης κ.λπ.). Το πάσης φύσεως εκπαιδευτικό υλικό παρέχεται αποκλειστικά για την εκπαιδευτική χρήση των φοιτητών και προστατεύεται για τυχόν δικαιώματα διανοητικής ιδιοκτησίας σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία.
• Το περιβάλλον ολοκληρωμένου συστήματος τηλεκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας είναι στην ελληνική γλώσσα. Ωστόσο υποστηρίζεται πλήρως και στην αγγλική γλώσσα.
• Το ολοκληρωμένο σύστημα τηλεκπαίδευσης είναι πλήρως προσβάσιμο σε άτομα με αναπηρία και άτομα με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες.

Η εξετάσεις των μαθημάτων γίνονται διαζώσης, στους χώρους του τμήματος Μαθηματικών και της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.

Ο τρόπος αξιολόγησης και η βαθμολόγηση σε κάθε μάθημα αποφασίζεται από τον Συντονιστή σε συνεργασία με τους Διδάσκοντες του μαθήματος γίνεται σε πλήρη ανεξαρτησία από τα άλλα μαθήματα και αποτελεί παράγωγο της αντικειμενικής εκτίμησης της απόδοσης του φοιτητή ή φοιτήτριας στο συγκεκριμένο μάθημα (εργασίες, εξετάσεις κλπ.). Τα κριτήρια αξιολόγησης είναι σαφώς προσδιορισμένα και αναγράφονται στο ενημερωτικό έντυπο του κάθε μαθήματος. Στα κριτήρια μπορεί να συμπεριλαμβάνονται, γραπτές ή προφορικές εξετάσεις, παρουσιάσεις εργασιών, ή όποιος άλλος τρόπος κρίνεται πρόσφορος από τους Διδάσκοντες. Σε περιπτώσεις συνδιδασκαλίας, οι βαθμοί των διαφορετικών Διδασκόντων θα προσμετρώνται ανάλογα με το ποσοστό διδασκαλίας του καθενός. Την τελική ευθύνη της βαθμολογίας έχει ο Συντονιστής.

Οι εξετάσεις πραγματοποιούνται τρεις φορές ανά έτος: στο χειμερινό εξάμηνο, στο εαρινό εξάμηνο και στην επαναληπτική του Σεπτεμβρίου, σύμφωνα με το ακαδημαϊκό ημερολόγιο του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Σε εξαιρετικές περιπτώσεις η Συνέλευση μπορεί να τροποποιήσει ή να μεταθέσει το χρόνο εξετάσεων.