Σύμφωνα με τον νόμο και τον Κανονισμό Λειτουργίας τα αρμόδια όργανα για την οργάνωση και την εν γένει λειτουργία του Π.Μ.Σ. «Εφαρμοσμένα Μαθηματικά και Μηχανική Μάθηση» είναι: 

α) Η Συνέλευση του Τμήματος Μαθηματικών
β) Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.)
γ) Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ.